C'est un héritage de l'histoire : l'autoroute A40 a été créée en 1982 à partir de morceaux d'autoroutes existantes (F42, A42, B41) qui avaient leur propre orientation et leur propre numérotation.
Comme tu l'as toi-même remarqué, la section terminale de l'A40 au Nord de Mâcon a connu plusieurs variantes et a été réalisée en dernier. Il semble donc logique que le kilométrage ait été fixé en priorité à partir des sections déjà réalisées à l'Est.
http://routes.wikia.com/wiki/Autoroute_ ... 7ouvertureIl existe plusieurs bizarreries sur le kilométrage liées au changement de numérotation des autoroutes. La plus connue est celle de l'A50 entre Marseille et Toulon, avec une rupture à Aubagne.