Des tunnels profonds, il y en a tout plein. Ce dont tu parles, j'ai l'impression, c'est plus de "bâtiments-ponts" au-dessus de voies express.
Il y a par exemple
l'aéroport d'Orly au-dessus de la N7
le parc des princes au-dessus du périphérique
la grande arche au-dessus de l'A14
la tour trinity en construction au-dessus d'une avenue à la défense (et plus globalement tous les quartier construits sur dalle)
Lyon perrache et
le tunnel de fourvière sur l'A6
le stade mayol à Toulon (pas vraiment une voie express)
Et sûrement tout un tas d'autres.
Par contre, à part des tunnels profonds, je n'ai pas d'exemple de tunnel construit sous un bâtiment déjà existant. A la limite, on peut considérer le chantier de la gare Eole sous le Cnit comme un tel projet (le tunnel est profond, mais la gare va jusqu'à directement sous le bâtiment existant), mais ce n'est pas une route.
EDIT : en y re réfléchissant, il y a bien le
tunnel Van Gogh 2, qui passe sous la Gare de Lyon, mais dont je n'arrive pas à trouver la date de construction ni le procédé. Si quelqu'un a des infos, je suis preneur
Globalement la gare de Lyon est un vrai gruyère, entre les tunnels routiers, parkings, métros, et RER construits successivement.